O Instituto Maria Claro é administrado pelos seguintes órgãos
Assembleia Geral: é o órgão soberano da instituição, sendo constituído pelos Associados Assembleiantes que elegem os membros da Diretoria Executiva e do Conselho Fiscal, aprovam as demonstrações financeiras e o plano estratégico, entre outras atribuições.
Conselho Fiscal: composto por três membros titulares e três membros suplentes, com mandato de dois anos. Fiscalizam a atuação da Diretoria Executiva e dão pareceres sobre as demonstrações financeiras, entre outras atribuições
Diretoria Executiva: responsável pelo planejamento e condução das atividades da instituição. Possui mandato de dois anos e é composta por um diretor presidente, um diretor vice-presidente e quatro diretores executivos.